国内だけで取引している場合は、日本の税法だけに注意して税務処理を行いますが、海外拠点と取引がある場合は、その国の税制や条約等が関わってくるため気をつけなければいけません。

 相手国と日本での租税条約がある場合
租税条約の内容までチェックし、確定申告の際に、外国税額控除の適用をどうするか、日本から従業員を出張させた場合はどちらの国で課税されるかなど、いろいろな面倒な話が出てきます。

それに加え、海外取引をしている会社は税務調査の対象になりやすいと言われています。

タックスヘイブンなどを利用した租税回避行為がないか、海外子会社に利益を付け替えて日本で納めるべき税金が過少に申告されていないかなど税務調査で厳しく見られます。

また、アジア諸国では、税務当局から本税以外に多額の加算税が課されることがありますので、問題が起きた時の影響額は、日本で考えているよりも多額になる場合があります。
そのため、現地の会計事務所に任せきりにするのではなく、親会社の経理部門においても海外拠点の税務処理がどのように行われているかチェックする必要があります。